Reactiile imunologice de aparare a integritatii organismului atacat sunt denumite reactii de protectie; acestea sunt opuse fiziopatologic (si semantic) reactiilor aberante descrise mai sus si care au luat numele de reactii hiperergice de hipersensibilizare sau anafilactice (contrare filaxiei sau contra protectiei; Richet, Portier, 1902). Unele persoane folosesc termenul de anafilaxie numai pentru a denumi un tip special de hiperergie (cea de tip I). Termenul de alergie (reactie schimbata) este intrebuintat in diverse sensuri: Von Pirquet considera alergie orice modificare in sistemul imun, fie ea daunatoare sau proiectiva; altii considera alergia sinonima cu reactia de hipersensibilizare. Unele din bolile intalnite astazi sunt rezultante ale unor astfel de reactii.
In interactiunea organismului cu diversi agresori externi, de foarte multe ori cele doua tipuri de reactii: imune (de aparare) si de hipersensibilizare se intrica, marind si diversificand raspunsul organismului; de aici aspectele clinice (de boala) diverse, de multe ori cu rezultat franc advers in ceea ce priveste evolutia ulterioara a organismului respectiv.
Sistemele imunitare au fost obisnuite, inca din viata embrionara sau din primele etape ale vietii extrauterine a organismului careia ii apartin, sa recunoasca structurile propriului organism si sa nu reactioneze impotriva lor, asa cum s-a aratat mai sus ca se intampla cu agentii exteriori (recunoasterea self-ului de not-self). Uneori acest echilibru subtil (toleranta imuna) se strica; sistemele imunitare reactioneaza cu diverse structuri proprii ale organismului, in special prin mecanisme de tip hiper- ergice, perturband — uneori grav — functionalitatea organismului si inducand starea de boala (boli autoimune).